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返回无菌室通过空气的净化和空间的消毒为微生物实验一个相对无菌的工作环境。无菌室是处理样品和接种培养的主要工作间，上海农卉组培应与组培室操作室紧密相连，无菌室应以下布局：
1.入口避开走廊，设在细菌检验操作室内
2.与操作室用两到缓冲间隔开
3.无菌室与缓冲间均装有紫外灯，要求每3平方安装30W紫外灯一盏。无菌室内光照应分布均匀，工作台面的光照度应不低于540lx.
4.无菌室内设有实验台，紫外灯距实验台台面小于1.5米
5.无菌室与操作室之间设有双层窗构成小通道
无菌室在消毒处理后，无菌试验前及操作过程中需检查空气中菌落数，以此来判断无菌室是否达到规定的洁净度，常有沉降菌和浮游菌两种测定方法。他们的标准介绍如下：
1. 沉降菌检测方法及标准：以无菌方式将3个营养琼脂平板带入无菌操作室，在操作区台面左、中、右各放1个；打开平板盖，在空气中暴露30min后将平板盖好，置36℃士1℃培养48h，取出检查，3个平板上生长的菌落数平均小于1个。
2. 浮游菌检测方法及标准：用专门的采样器，并配有流量计和定时器，严格按仪器说明书的要求操作并定时校检，全部采样结束后，将培养皿置36℃士1℃培养48h，取出检查，浮游菌落数平均不得超过5个/m3。每批培养基应选定3只培养皿做对照培养。无菌操作台面或超净工作台还应定期检测其悬浮粒子，应达到100级（一般用尘埃粒子计数仪）检测，并根据无菌状况必要时置换过滤器。
