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返回有些愈伤组织或悬浮培养物起初具有器官和（或）胚胎发生潜力，但经过反复继代保存之后，这种形态发生能力常常逐渐下降，有时甚至完全丧失。为了解释这种现象，现在有三种假说。
1．遗传说
按照这个假说，长期培养物器官发生或胚胎发生能力下降的原因，是由于在培养细胞中常见的核的变化，它们包括多倍性、非整倍性和染色体突变等。这种由遗传原因造成的形态发生潜力的丧失是不可逆的。
2．生理说
证据表明，至少在某些情况下，形态发生潜力的下降可能是由于细胞或组织内激素平衡关系的改变造成的，或是由于细胞对外源生长物质敏感性的改变造成的。在这种情况下，细胞虽然停止了器官和胚胎的分化，但不一定就丧失了这种分化能力。因而，在这种情况下，如果改变外部处理条件，应该有可能使细胞的这种内在潜力得到恢复。在有些组织中，通过冷处理或改变培养基成分，确已实现了这种可能性。
如前所述，在胡萝卜悬浮培养中，胚性细胞团在含有生长素的培养基中进行增殖，在不含生长素的培养基中发育胚胎，Fridborg和Eriksson(1975)看到，在含有2，4-D的培养基中培养8周之后，本来具有全能性的胡萝卜培养物完全停止了胚胎发生过程，然而，若在这种含有生长素的培养基中加人1％、4％的活性炭，丧失了的全能性又可以得到恢复。以上事实充分说明，在这个培养系统中，胚性潜力的丧失可能是由于内源生长素水平提高所致。胡萝卜的驯化愈伤组织的生长并不需要外源生长素。在第4．4．1节中所介绍的有关甜橙的例子同样表明，在长期培养的细胞中，内源生长素水平的提高与胚性潜力的丧失是密切相关的。
3．竞争说
这个假说本质上是前两个假说的结合。按照这个假说的倡议者Smith和Street（1974）的看法，在胡萝卜细胞长期连续继代培养期间，有两个过程可能与胚胎发生能力的下降以致最终的丧失有关。首先，细胞对于生长素（2，4一D）抑制全能性表达的作用变得比较敏感；其次，随着时间的推移，由于培养细胞在细胞学上的不稳定性，出现了缺乏胚性潜力的新的细胞系。这些细胞学上的变化不一定是染色体数目的变化，而可能只是遗传信息的小的突变、丢失或易位。实际上，J。nes（1974）已经证实，在胡萝卜培养物中，细胞群体在成胚能力上的不稳定性，可能是由用于建立该培养物的组织带来的。在复杂的多细胞外植体中，只有少数细胞能够产生胚性细胞团，其余细胞都是非全能性的。按照这种竞争说，如果非胚性的细胞类型在所用的培养基中具有生长上的选择优势，在反复的继代培养中，非胚性细胞的群体将会逐步增加，而胚性成分则逐渐减少。到了一定时期之后，培养物中已不再含有任何胚性细胞，这时若想再恢复它们的胚胎发生能力就不可能了。然而，如果在培养物中存在少量胚性细胞，只是由于处在支配地位的非胚性细胞的抑制作用，这些胚性细胞的全能性无法表达，在这种情况下，通过改变培养基成分，使之有选择地促进全能细胞的增殖，就应当有可能恢复该培养物的形态发生潜力。
