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返回组织培养过程中的污染源主要有以下几种：
(1)户外风大，菌类进屋机会多。有风就有沙，有沙就有尘，有尘就有菌，菌尘共存，这是菌类进屋的主要原因之一。
(2)屋内太潮，菌类繁衍多。需保持室内空气干燥，如使用空调“除湿”功能，也可减少真菌生长繁殖。
(3)人员带菌多。在整个操作室内，人员可说是最大的带菌者，不管在毛发或是衣服等地方，都隐藏着数不清的菌类。在进入操作室前，最好能对作业人员进行清洁处理，比如换上干净的白大褂，换上实验室的鞋，衣服鞋每星期洗一次，上超净台前手要用肥皂清洗两遍，接种前手再用酒精擦拭一遍。
(4)屋内不干净。紫外线能杀灭或抑制真菌生长，因此应在每次接种前进行20分钟的紫外灯消毒。
(5)清理屋内带菌组培苗。在植物病害中，真菌所引起的病害尤其严重，且因会产生孢子，随着空气飘散。一旦落入适当的环境下，一粒小小的孢子便会扩大成一个菌落，污染整个组织培养瓶。因此一旦有真菌污染的组培苗，就要用高压灭菌器彻底消灭，以防扩散。(6)接种不正确。不正确操作也会增加污染机率，如开盖太快，灭菌不够，操作过慢等。接种过程应该轻开盖，快操作。
组培室污染原因
若污染菌类是零星分散在培养基中，则可确定是人为引起的污染，比如培养基灭菌不彻底;超净工作台长时间不换滤网，致使净化能力降低;接种用具灭菌不彻底;操作不正确，动作生硬缓慢，开瓶时间太久，接种台摆放物品杂乱，操作中心在人体范围之内;接种室长期不灭菌，菌类太多等。
若污染菌类是从材料周围长起，则可证明是植物材料带菌引起。可能是接种用具灭菌不彻底，接种时材料被污染;或者是未及时发现污染苗，接种过程交叉感染等。
若菌类从材料培养基以上部分长起，而不是从培养基先长起，且发生在5天以后，则说明是材料带的内生菌。若从培养基以下开始长菌，发生时间较早，且有从里向外的趋势，则说明是切口引起的污染，原因可能是灭完菌后，未剪去两个切口或虽剪但器具带菌。
污染苗如何抢救？
真菌污染后，如果已形成孢子，则必须经高压灭菌后扔掉，即使仅形成菌丝也应处理后扔掉，因为菌丝能够达到材料内部，因此，真菌污染是灭绝性的。
细菌污染后，由于细菌繁殖是靠芽孢，细菌不会弥散在整个空间，因此只要及时发现，可将材料上部未感菌的部分剪下转接，材料仍可以用。
